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动力学、自由能与增强采样分子模拟
分子动力学模拟
通过时间演化采样评估构象稳定性、相互作用占有率与可能的机制路径。
体系构建、平衡与生产模拟构象、接触与集体运动分析聚类、自由能景观与重复采样
动力学、自由能与增强采样增强采样与自由能
自由能计算
根据体系相似性、预算与精度目标选择端点法、绝对或相对自由能策略。
MM/GBSA 与 MM/PBSA残基能量分解ABFE、RBFE 与 FEP
动力学、自由能与增强采样分子模拟
膜蛋白与生物膜体系建模
构建包含脂质、离子、配体与糖基化信息的膜环境，研究膜蛋白构象和界面相互作用。
膜定位、脂质组成与体系构建离子、辅因子和翻译后修饰参数化膜厚、倾角、接触和水化分析
动力学、自由能与增强采样增强采样与自由能
增强采样与构象自由能
针对高能垒和稀有构象选择适当集体变量与采样策略，比较状态转变和相对自由能。
Metadynamics 与 umbrella samplingREST2、加速动力学与路径采样重加权、误差估计和集体变量诊断
动力学、自由能与增强采样分子模拟
竞争性结合模拟
在匹配条件下比较无竞争与有竞争体系的界面接触、构象状态和近似能量趋势，形成可检验的竞争机制假设。
匹配条件复合物构建分子动力学与界面接触分析MM/GBSA 与自由能景观复核
动力学、自由能与增强采样分子模拟
全原子分子动力学
以原子分辨率跟踪生物分子、配体、溶剂和离子的构象演化，分析可重复的结构与相互作用趋势。
体系参数化与平衡多重复全原子模拟构象、接触和动力学分析
动力学、自由能与增强采样分子模拟
粗粒化分子动力学
通过降低体系自由度扩大可模拟尺度，用于膜、自组装、聚合物和大型复合体系的结构趋势研究。
映射方案与参数选择粗粒化装箱和模拟团簇、形貌与回映射复核
动力学、自由能与增强采样增强采样与自由能
伞形采样与 PMF
沿预先定义的反应坐标布置重叠窗口，重建相对平均力势并检查窗口覆盖和收敛。
反应坐标与窗口设计约束采样和重叠检查WHAM/MBAR 重构与误差评估
动力学、自由能与增强采样增强采样与自由能
引导分子动力学
通过受控外力沿指定方向推动体系，用于比较解离路径、机械响应和后续自由能采样区间。
拉伸方向和约束设计多速度/多重复引导模拟力-位移与路径结构分析
动力学、自由能与增强采样增强采样与自由能
复制交换分子动力学
通过温度或哈密顿量维度的多副本交换扩展构象采样，适用于肽、折叠单元和多稳态体系。
副本与交换维度设计并行采样和交换监测重加权与状态分布分析
动力学、自由能与增强采样增强采样与自由能
靶向分子动力学
在已知起始和目标结构之间施加渐进约束，生成候选转变路径并定位可能的结构瓶颈。
起终态对齐与约束区域选择多路径靶向模拟路径聚类和接触变化分析
动力学、自由能与增强采样分子模拟
抗体分子动力学
围绕 CDR、框架区、抗原界面和可选糖基化状态，比较抗体构象稳定性与局部柔性。
抗体编号和体系准备多重复全原子模拟CDR、界面和聚类分析
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