三元聚集体 IGM 弱相互作用分析
图摘要
摘要
从自组装轨迹提取代表性局部三聚体，以促分子密度 IGM、δg 与接触几何辅助判断可能的定向氢键样或色散主导接触区域。图摘要串联聚集快照、结构指标与构象分布，呈现组装过程中的主要状态演化。多项结果共同形成对聚集路径、关键接触和代表构象的直观认识。
计算结果
3 图与图注
图 1 100 ns 快照中 候选化合物 I + 候选化合物 G + 候选化合物 H 三聚体的 IGM 分析结果。(a) 三聚体构象,候选化合物 A 为绿色、候选化合物 B 为橙色、候选化合物 C 为品红色(氧为红色、氮为蓝色、氢为白色),黑色虚线标出三对分子的最近重原子接触及其距离;(b) 分子间相互作用描述符 δg^inter 的等值面(取 0.005 a.u.),按 sign(λ2)ρ 着色,蓝色为吸引性强定向作用、绿色为色散主导的范德华作用、红色为位阻排斥,色标范围 ±0.05 a.u.,骨架以灰色细棒表示;(c) 同一等值面绕纵轴旋转 90° 后的视角。计算水平:促分子密度 IGM(无量子化学计算),Multiwfn 3.8,格点数 117 × 121 × 124、格距 0.2891 Bohr。
该图呈现“图与图注”中的主要结构与趋势，并与本案例的候选排序和结果判断形成对应。
图 2 δg^inter 对 sign(λ2)ρ 的散点图。每个点为一个格点,按其最邻近的两个分子归入相应分子对着色,图例中 n 为各分子对的格点数,仅显示 δg^inter > 0.001 a.u. 的格点。候选化合物 A–候选化合物 B(红)在 sign(λ2)ρ ≈ −0.04 a.u. 处出现高耸的尖峰,是氢键的特征;候选化合物 A–候选化合物 C(蓝)与 候选化合物 B–候选化合物 C(绿)则集中在 sign(λ2)ρ 接近零的区间,峰值明显更低,是色散主导相互作用的特征。
该图呈现“图与图注”中的主要结构与趋势，并与本案例的候选排序和结果判断形成对应。
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